Autor: "Brian K. Radak" - Katalog zbiorów Biblioteki Wyższej Szkoły Bankowej we Wrocławiu - Prolib Integro

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Wyszukujesz frazę ""Brian K. Radak"" wg kryterium: Autor

Wyświetlanie 1-20 z 22

Zaznacz stronę

Skocz do pozycji: 1 1.

Podgląd okładki

Tytuł :: Alchemical Binding Free Energy Calculations in AMBER20: Advances and Best Practices for Drug Discovery
Autorzy :: David A. Pearlman
Brian K. Radak
Darrin M. York
Tai-Sung Lee
Bryce K. Allen
Pengfei Li
Timothy J. Giese
Hsu Chun Tsai
Woody Sherman
Huafeng Xu
Charles Lin
Yujun Tao
T. Dwight McGee
Zhenyu Guo; Pokaż więcej
Temat :: Library and Information Sciences
Computer Science Applications
General Chemical Engineering
General Chemistry
Computational chemistry
Binding affinities
Binding free energy
Chemistry
Drug discovery
Article
Źródło :: J Chem Inf Model
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::fdc7898b89dd74b693b2fdfec12e629a
https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jcim.0c00613

Szczegóły

Skocz do pozycji: 2 2.

Podgląd okładki

Tytuł :: Improved Alchemical Free Energy Calculations with Optimized Smoothstep Softcore Potentials
Autorzy :: Darrin M. York
Bryce K. Allen
Hsu Chun Tsai
Charles Lin
Yujun Tao
Woody Sherman
Tai-Sung Lee
Brian K. Radak
Zhixiong Lin; Pokaż więcej
Temat :: Physical and Theoretical Chemistry
Computer Science Applications
Applied mathematics
Monomial
Energy simulation
Numerical stability
Polynomial
Computer science
Convergence (routing)
Smoothing
Smoothstep
Software
business.industry
business
Article
Źródło :: J Chem Theory Comput
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::6a0556ac95521067a4c1170e93211965
https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jctc.0c00237

Szczegóły

Skocz do pozycji: 3 3.

Podgląd okładki

Tytuł :: Rigorous Free Energy Simulations in Virtual Screening
Autorzy :: Thijs Beuming
Brian K. Radak
David A. Pearlman
Woody Sherman
Bryce K. Allen
Zoe Cournia; Pokaż więcej
Temat :: Library and Information Sciences
Computer Science Applications
General Chemical Engineering
General Chemistry
Experimental testing
Drug discovery
Computer science
Binding free energy
Biochemical engineering
Virtual screening
Workflow
Źródło :: Journal of Chemical Information and Modeling. 60:4153-4169
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_________::651790d3911dbb9ac7adebd7663cd20f
http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jcim.0c00116

Szczegóły

Skocz do pozycji: 4 4.

Podgląd okładki

Tytuł :: Boosting Free-Energy Perturbation Calculations with GPU-Accelerated NAMD
Autorzy :: Julio D. C. Maia
Brian K. Radak
Wensheng Cai
Emad Tajkhorshid
David J. Hardy
Haochuan Chen
Christophe Chipot; Pokaż więcej
Temat :: Article
Library and Information Sciences
Computer Science Applications
General Chemical Engineering
General Chemistry
Computer science
Biological objects
Boosting (machine learning)
Code (cryptography)
Free energy perturbation
Central processing unit
Computational science
Graphics
Źródło :: J Chem Inf Model
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::3a5fc8e4298a21578ab356493f5ed7c6
https://europepmc.org/articles/PMC7686227/

Szczegóły

Skocz do pozycji: 5 5.

Podgląd okładki

Tytuł :: Scalable molecular dynamics on CPU and GPU architectures with NAMD
Autorzy :: Julio D. C. Maia
Rafael C. Bernardi
Marcelo C. R. Melo
Jérôme Hénin
Klaus Schulten
Christophe Chipot
João V. Ribeiro
Abhishek Singharoy
Giacomo Fiorin
Zaida Luthey-Schulten
Benoît Roux
Ryan McGreevy
John E. Stone
Laxmikant V. Kale
Robert D. Skeel
James C. Phillips
David J. Hardy
Wei Jiang
Ronak Buch
Aleksei Aksimentiev
Yi Wang
Brian K. Radak
Emad Tajkhorshid; Pokaż więcej
Temat :: [PHYS.PHYS.PHYS-BIO-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Biological Physics [physics.bio-ph]
[CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry
[INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation
Physical and Theoretical Chemistry
General Physics and Astronomy
Parallel computing
Computer science
Source code
media_common.quotation_subject
media_common
Scalability
Biological objects
Petascale computing
Cluster (physics)
Molecular dynamics
Massively parallel
Molecular dynamics simulation
high-performance computing
statistical mechanics
graphics processing units
ARTICLES
Źródło :: Journal of Chemical Physics
Journal of Chemical Physics, American Institute of Physics, 2020, 153 (4), pp.044130. ⟨10.1063/5.0014475⟩
J Chem Phys
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::b9ba6402af2a0f87d67e384c19fd767f
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03007668

Szczegóły

Skocz do pozycji: 6 6.

Podgląd okładki

Tytuł :: Accounting for the Central Role of Interfacial Water in Protein-Ligand Binding Free Energy Calculations
Autorzy :: Michael K. Gilson
Ido Y. Ben-Shalom
Zhixiong Lin
Charles Lin
Brian K. Radak
Woody Sherman; Pokaż więcej
Temat :: Computer Aided Drug Design
Molecular Dynamics
Monte Carlo
Relative Binding Free Energy
Buried Water
AMBER
Physical and Theoretical Chemistry
Computer Science Applications
Hysteresis
Ligand
Protein ligand
Molecular dynamics
Materials science
Boltzmann distribution
Hybrid Monte Carlo
Binding site
Chemical physics
Molecule
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::cb305fb3eae753f26847892b6156f242
https://chemrxiv.org/engage/api-gateway/chemrxiv/assets/orp/resource/item/60c74de3842e65d570db3533/original/accounting-for-the-central-role-of-interfacial-water-in-protein-ligand-binding-free-energy-calculations.pdf

Szczegóły

Skocz do pozycji: 7 7.

Podgląd okładki

Tytuł :: Free Energy Landscapes of Membrane Transport Proteins
Autorzy :: Ramesh Balakrishnan
Brian K. Radak
Sunhwan Jo
James C. Phillips
Timothy J. Williams
Laxmikant V. Kale
Benoît Roux
Wei Jiang
Klaus Schulten; Pokaż więcej
Temat :: Membrane transport protein
biology.protein
biology
Biophysics
Chemistry
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_________::1c408093750c5189a2f5ab3c34912626

Szczegóły

Skocz do pozycji: 8 8.

Podgląd okładki

Tytuł :: A Two-Metal-Ion-Mediated Conformational Switching Pathway for HDV Ribozyme Activation
Autorzy :: Michael E. Harris
Brian K. Radak
Darrin M. York
Tai-Sung Lee; Pokaż więcej
Temat :: Catalysis
General Chemistry
Nucleotide
chemistry.chemical_classification
chemistry
Stereochemistry
QM/MM
Molecular dynamics
Nucleobase
Active site
biology.protein
biology
RNA
Base pair
Ribozyme
Article
Źródło :: ACS Catalysis. 6:1853-1869
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::62b4f9a5ffd975c3146f6f1c01bc4aee
https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acscatal.5b02158

Szczegóły

Skocz do pozycji: 9 9.

Podgląd okładki

Tytuł :: Protonation States and Conformations of Inositol and Phosphoinositol Phosphates from Molecular Simulations
Autorzy :: Brian K. Radak; Pokaż więcej
Temat :: Biophysics
Stereochemistry
Inositol
chemistry.chemical_compound
chemistry
Protonation
Źródło :: Biophysical Journal. 116:506a-507a
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_________::42123c8cc57b1dffae8220727fc61a9a
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S0006349518339997?httpAccept=text/xml

Szczegóły

Skocz do pozycji: 10 10.

Podgląd okładki

Tytuł :: Characterization of the Three-Dimensional Free Energy Manifold for the Uracil Ribonucleoside from Asynchronous Replica Exchange Simulations
Autorzy :: Tai-Sung Lee
Haoyuan Chen
Ming Huang
Brian K. Radak
Darrin M. York
Shantenu Jha
Antons Treikalis
Vivekanandan Balasubramanian
Melissa Romanus; Pokaż więcej
Temat :: Physical and Theoretical Chemistry
Computer Science Applications
Theoretical computer science
Replica
Distributed computing
Software framework
computer.software_genre
computer
Sampling (statistics)
Large numbers
Asynchronous communication
Computer science
Quantum
Molecular dynamics
Hamiltonian (quantum mechanics)
symbols.namesake
symbols
Article
Źródło :: Journal of Chemical Theory and Computation. 11:373-377
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::1d9539bd40dd7d640bd7af0dca30b1e8
https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ct500776j

Szczegóły

Skocz do pozycji: 11 11.

Podgląd okładki

Tytuł :: A Multidimensional B-Spline Correction for Accurate Modeling Sugar Puckering in QM/MM Simulations
Autorzy :: Erich R. Kuechler
Thakshila Dissanayake
Brian K. Radak
Ming Huang
Tai-Sung Lee
Timothy J. Giese
Darrin M. York; Pokaż więcej
Temat :: Article
Physical and Theoretical Chemistry
Computer Science Applications
NDDO
Diatomic molecule
Statistical physics
B-spline
Ab initio
Molecular dynamics
Potential energy surface
Computational chemistry
Chemistry
QM/MM
Adiabatic process
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::d2b30bc8dacbe6dde0e1aa95a129e9c9
https://europepmc.org/articles/PMC5839098/

Szczegóły

Skocz do pozycji: 12 12.

Podgląd okładki

Tytuł :: Roadmaps through Free Energy Landscapes Calculated Using the Multidimensional vFEP Approach
Autorzy :: Brian K. Radak
Tai-Sung Lee
Darrin M. York
Kin Yiu Wong
Ming Huang; Pokaż więcej
Temat :: Physical and Theoretical Chemistry
Computer Science Applications
Maxima and minima
Saddle point
Molecular simulation
Computer science
External Data Representation
Free energy profile
Stationary point
Data mining
computer.software_genre
computer
Article
Źródło :: Journal of Chemical Theory and Computation. 10:24-34
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::8a64dc276833ad4ad053c431677c664a
https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ct400691f

Szczegóły

Skocz do pozycji: 13 13.

Podgląd okładki

Tytuł :: Inclusion of ph Effects in Molecular Dynamics Simulations of Membranes and Membrane Proteins
Autorzy :: Abhishek Singharoy
Klaus Schulten
Brian K. Radak
Benoît Roux; Pokaż więcej
Temat :: Biophysics
Membrane protein
Membrane
Proof of concept
Protein subunit
Monte Carlo method
Biological system
Molecular dynamics
Protonation
Chemistry
Globular protein
chemistry.chemical_classification
Źródło :: Biophysical Journal. 110(3)
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::0f70cbd84165effae6247fd34a6976a5

Szczegóły

Skocz do pozycji: 14 14.

Podgląd okładki

Tytuł :: Assessment of metal-assisted nucleophile activation in the hepatitis delta virus ribozyme from molecular simulation and 3D-RISM
Autorzy :: Tai-Sung Lee
Michael E. Harris
Darrin M. York
Brian K. Radak; Pokaż więcej
Temat :: Article
Molecular Biology
Computational chemistry
Active site
biology.protein
biology
Leaving group
Molecular dynamics
Nucleophile
Protonation
Ribozyme
QM/MM
Deprotonation
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::7446808787984a23d711ea3f5deaefbb
https://europepmc.org/articles/PMC4536318/

Szczegóły

Skocz do pozycji: 15 15.

Podgląd okładki

Tytuł :: Experimental and computational analysis of the transition state for ribonuclease A-catalyzed RNA 2'-O-transphosphorylation
Autorzy :: Joseph A. Piccirilli
Darrin M. York
Kin Yiu Wong
Hong Gu
Thakshila Dissanayake
Vernon E. Anderson
Masaru Miyagi
Daniel L. Kellerman
Qing Dai
Shuming Zhang
Brian K. Radak
Michael E. Harris; Pokaż więcej
Temat :: Multidisciplinary
Chemistry
Active site
biology.protein
biology
Catalysis
Computational chemistry
Transition state analog
Organic chemistry
Molecular dynamics
Leaving group
Kinetic isotope effect
Transition state
Molecule
Biological Sciences
digestive, oral, and skin physiology
Źródło :: Proceedings of the National Academy of Sciences. 110:13002-13007
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::a3bb2cfe0d744e14e3b5ffbda7d92fe7
https://syndication.highwire.org/content/doi/10.1073/pnas.1215086110

Szczegóły

Skocz do pozycji: 16 16.

Podgląd okładki

Tytuł :: Molecular Simulations of RNA 2′-O-Transesterification Reaction Models in Solution
Autorzy :: Brian K. Radak
Darrin M. York
Michael E. Harris; Pokaż więcej
Temat :: Materials Chemistry
Surfaces, Coatings and Films
Physical and Theoretical Chemistry
Force field (physics)
Nucleophile
Computational chemistry
Chemistry
Umbrella sampling
Ionic bonding
Hydrogen bond
Solvation
Molecular dynamics
Leaving group
Article
Źródło :: The Journal of Physical Chemistry B. 117:94-103
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::b556ddf80041d5109de47a8d5ca06273
https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jp3084277

Szczegóły

Skocz do pozycji: 17 17.

Podgląd okładki

Tytuł :: Multiscale Methods for Computational RNA Enzymology
Autorzy :: Thakshila Dissanayake
George M. Giambaşu
Maria T. Panteva
Erich R. Kuechler
Darrin M. York
Haoyuan Chen
Brian K. Radak
Tai-Sung Lee; Pokaż więcej
Temat :: Nucleic acid
RNA
QM/MM
Multiscale modeling
Computational chemistry
Chemistry
Molecular dynamics
Protonation
Ribozyme
biology.protein
biology
RNase P
Article
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::51e2927d9e40be1deaade36d0a7922bf
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S0076687914000652?httpAccept=text/xml

Szczegóły

Skocz do pozycji: 18 18.

Podgląd okładki

Tytuł :: Efficiency in nonequilibrium molecular dynamics Monte Carlo simulations
Autorzy :: Brian K. Radak
Benoît Roux; Pokaż więcej
Temat :: Physical and Theoretical Chemistry
General Physics and Astronomy
Complex system
Statistical physics
Adaptive algorithm
Linear response theory
Non-equilibrium thermodynamics
Computer science
Sampling efficiency
Nonequilibrium molecular dynamics
Monte Carlo method
Maximum efficiency
ARTICLES
Źródło :: The Journal of Chemical Physics. 145:134109
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::08eb55308ccbb5bf5d639f375f51ff88
http://aip.scitation.org/doi/pdf/10.1063/1.4964288

Szczegóły

Skocz do pozycji: 19 19.

Podgląd okładki

Tytuł :: Modeling Reactive Scattering of F(2P) at a Liquid Squalane Interface: A Hybrid QM/MM Molecular Dynamics Study
Autorzy :: George C. Schatz
Brian K. Radak
Dongwook Kim
Scott Yockel; Pokaż więcej
Temat :: Physical and Theoretical Chemistry
Scattering
Rotational–vibrational spectroscopy
Exothermic reaction
Chemistry
QM/MM
Atomic physics
Atom
Molecular dynamics
Squalane
chemistry.chemical_compound
Force field (physics)
Źródło :: The Journal of Physical Chemistry A. 113:7218-7226
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_________::6c6176daa678f18c0bbeee40fb244931
https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jp809546r

Szczegóły

Skocz do pozycji: 20 20.

Podgląd okładki

Tytuł :: A framework for flexible and scalable replica-exchange on production distributed CI
Autorzy :: Shantenu Jha
Peng He
Ronald M. Levy
Wei Dai
Darrin M. York
Nanjie Deng
Brian K. Radak
Melissa Romanus
Ole Weidner
Tai-Sung Lee
Emilio Gallicchio; Pokaż więcej
Temat :: Computer science
Replica
Coupling
Parallel simulation
Scalability
Distributed computing
Sampling (statistics)
Cyberinfrastructure
Physical system
Condensed Matter::Disordered Systems and Neural Networks
Computer Science::Distributed, Parallel, and Cluster Computing
Źródło :: XSEDE
Dostępność :: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_________::637574a40de4551439c10594362228fe
https://dl.acm.org/doi/pdf/10.1145/2484762.2484830

Szczegóły

Wyświetlanie 1-20 z 22

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies